En ce qui concerne la faune terrestre, l'archipel est moins bien nanti. Cependant, c'est
sur l'île La Grande Basque qu'on retrouve la plus grande diversité répertoriée (renard
roux, rongeurs, porc-épic et lièvre d'Amérique). Par contre, dans le milieu marin avoisinant
on observe une faune plus élevée en biodiversité : soit 26 espèces de poissons et six
espèces de mammifères marins.
En plus d'être au service du maintien de la biodiversité, l'archipel agit à titre de barrière
naturelle. Il protège non seulement la faune et la flore marines, mais aussi la communauté
et les infrastructures contre les intempéries.
Avec ses eaux relativement tranquilles, ses berges en pentes faibles et son substrat fin,
la baie est un milieu favorable aux zosteraies. Celles-ci sont de grandes étendues de
végétation dominées par une plante aquatique aux fonctions écologiques bien particulières,
la zostère marine. Contrairement aux algues qui se fixent à l’aide de crampons, la zostère
possède des racines qui s’ancrent dans le sol et qui contribuent à stabiliser le substrat.
Ses longues feuilles rubanées filtrent également la colonne d’eau. De surcroît, son rôle
filtrant est important étant donné sa proximité des installations portuaires. Toutefois,
certains indicateurs démontrent que la chaleur de l’eau augmente et qu’il y a une modification
du couvert de glace en hiver. Cette situation pourrait impliquer des changements importants
de la répartition spatiale de la zosteraie et ainsi, priver certaines espèces d’un lieu idéal comme
pouponnière à poisson et pour d’autres comme garde-manger.
Tous ces éléments démontrent que l'archipel et la baie sont plus que nécessaires pour
les Septiliens, tant au niveau emblématique que pour leur protection et leur grande
beauté, ce qui en fait un milieu de vie important pour les citoyens, les touristes,
les entreprises...
« L’ampleur de la baie, […] ses herbiers aquatiques et son archipel créent un
environnement propice à la biodiversité aquatique. La présence, dans la baie de
Sept-Îles, d’espèces d’intérêt commercial et écologique fait en sorte qu’il est primordial
de protéger et de mettre en valeur ses habitats de façon à exploiter au maximum
son potentiel écologique. » (Calderón, 1996)
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